依据特点分类整理
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意义
| 肠道杆菌（尿液计数） | |
|---|---|
| 肠道杆菌（粪便） | 无意义 |
| 破伤风梭菌 | 无意义 |
| 奈瑟菌（泌尿生殖道分泌物） | 淋病 |
| 衣原体包涵体（泌尿生殖道分泌物） | 非淋病性尿道炎 |
| 肠道杆菌（血液） | 败血症 |
| 葡萄球菌（血液） | 败血症 |
| 链球菌（血液） | 败血症 |
| 奈瑟菌（CSF） | 流脑 |
| 葡萄球菌（CSF） | 化脑 |
| 链球菌（CSF） | 化脑 |
| 肠道杆菌（CSF） | 化脑 |
| 隐球菌（CSF） | 隐球菌性脑膜炎 |
| 葡萄球菌（脓汁） | 化脓性感染 |
| 链球菌（脓汁） | 化脓性感染 |
| 肠道杆菌（脓汁） | 化脓性感染 |
| 白喉棒状杆菌（痰） | 白喉病 |
| 肺炎链球菌（痰） | 肺炎 |
| 肺炎支原体 | 原发性非典型肺炎 |
| 炭疽杆菌（血液、等） | 炭疽病 |
| 产气荚膜梭菌 | 气性坏疽 |
| 假丝酵母（不管是哪） | 假丝酵母病 |
| 梅毒螺旋体（不管是哪） | 梅毒 |
| 钩端螺旋体（不管是哪） | 钩体病 |
| 内基小体 | 狂犬病 |
| 弧菌（粪便、肛拭子、呕吐物） | 霍乱 |
| 衣原体包涵体（眼结膜上皮细胞刮取物） | 沙眼 |
| 立克次体/东方体 | 恙虫病 |
| 分支杆菌 | 结核病 |
荚膜
芽孢
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G+
- 葡萄球菌
- 链球菌
- 肺炎链球菌
- 炭疽杆菌
- 破伤风梭菌
- 白喉棒状杆菌
- 肉毒梭菌
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G-
- 奈瑟菌
- 肠道杆菌
- （霍乱）弧菌
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特殊染色
- 抗酸染色：分枝杆菌
- 美兰染色（兰色）：棒状杆菌（有异染颗粒）、假丝酵母
- 墨汁染色：隐球菌
- 吉萨姆染色（紫色）：沙眼衣原体、支原体集落
- Fontan镀银染色：钩端螺旋体、梅毒螺旋体(棕褐色）
- HE染色：内基小体(嗜酸性）
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散在排列
- 肠道杆菌
- 分支杆菌（或束状）
- 破伤风梭菌
- 肉毒梭菌
- 产气荚膜梭菌
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非散在排列
| 竹节状排列 | 炭疽芽胞杆菌 |
| V、L、Y或栅栏状排列，有异染颗粒 | 白喉棒状杆菌 |
| 葡萄样排列 | 葡萄球菌 |
| 链状排列 | 链球菌 |
| 成单、成双、短链状排列 | 肺炎链球菌 |
| 成双排列 | 奈瑟菌 |